El convento de la Concepción, fue fundado por legado testamentario del indiano guadalcanalense Álvaro de Castilla y Ramos, otorgado el 17 de septiembre de 1614 en Guanajuato (México). Aunque el envío de dinero ya empezó a producirse gradualmente desde 1599, en un primer momento con la exclusiva finalidad de fundar un hospital para pobres y transeúntes, institución a la que progresivamente añadió una iglesia-monasterio, concluyendo con la construcción del claustro concepcionista.
En efecto, ya en 1599 Álvaro mando una primera partida de 140 marcos de plata, con un valor de 309.600 mrs.; el mismo año le siguió un segundo envío de 166 marcos, equivalentes a 367.550 mrs. Continuó en 1600, mandando en esta ocasión 3.688.596 mrs., completando en 1604 un total de 14 millones largos de mrs., equivalente a unos 40.000 ducados, todos ello a nombre de su hermano Rodrigo de Castilla y con las finalidades descritas.
En 1606, muerto en Guadalcanal Rodrigo, su hija Isabel se ocupó del encargo de su tío Álvaro, para lo cual contrató a un albañil (maestro mayor de fábrica) sevillano, un tal Juan Ruiz Castejón, con el que tuvo meses después de iniciada la obra ciertas desavenencias, que concluyeron en un enredoso y largo pleito. Al parecer, disconforme doña Isabel con el desarrollo de la obra, rompió el contrato con el albañil.
Álvaro de Castilla murió en 1614. En su testamento del 17 de septiembre de dicho año tomaba la decisión de fundar, junto con su mujer, doña María de Loya Menesse, un monasterio de concepcionistas en su villa natal, que debían instalarse en el claustro colindante al hospital e iglesia ya construidos. Para el mantenimiento a perpetuidad de sus monjas dejaba unos 20 mil ducados, los que quedaban de los 40 mil que al parecer mandó, una vez deducidos los gastos de las obras realizadas.
El 14 de agosto de 1624 se incorporaron las primeras 11 monjas, procedentes del convento de la Concepción de Mérida del que tomó su nombre. En 1646 la comunidad estaba compuesta por diecinueve. El patrono por estas fechas, era don Rodrigo de Castilla.
Este convento tuvo una enorme extensión, abarcando desde la actual capilla hasta la Avenida de la Constitución, 55.
La capilla del convento consta de una nave cubierta de bóveda de cañón y lunetos y media naranja en el presbítero. En el alta mayor labraron un retablo de yesería de influencia plateresca.
El frontal y gradas estaban cubiertos con azulejos sevillanos de cuenca, probablemente de acarreo. La portada de los pies posee vano de medio punto entre pilastras toscanas y hornacina central. La del lado del evangelio presenta un esquema análogo, con pilastras jónicas acanaladas y ondas serlianas en el entablamento.
En la capilla de este convento estuvo ubicada la Hermandad del Cristo de las Aguas desde su fundación en el año 1867, El altar mayor estaba presidido por la imagen de la Inmaculada Concepción. A la derecha e izquierda había dos retablos con las imágenes del Cristo de las Aguas, Virgen de los Dolores, Cristo de la Humildad y el apóstol San Juan. En los años 70 del siglo XX, se cerró al culto esta iglesia, debido al mal estado en que se encontraba el edificio, pasando a la parroquia de Santa María todas las imágenes.
El año 1977 fue vendido este edificio al vecino de esta villa, Emilio Rivero Barragán.