Alonso de Cárdenas, Gran Maestre de la Orden de Santiago, erigió esta iglesia en 1481, por aquellas fechas –1482– se terminó la de Llerena, donde está enterrado, junto con su esposa D.ª Leonor de Luna.
La iglesia está edificada en un solar de 679 m², de los cuales, hay construidos 646 m²
La arquitectura revela las diferentes etapas por las que atravesó su largo proceso, que, arrancando de las postrimerías de la Baja Edad Media, llega a alcanzar incluso el Barroco.
El edificio construido en mampuesto y ladrillo, posee una nave principal, a la que se le adosa otra lateral al lado izquierdo, o del evangelio, de gran elegancia a causa de su elevación. Se divide en cuatro tramos por medio de arcos transversales apuntados de gran luz, que apean sobre pilastras adosadas al muro, muy esbeltas y con capiteles muy sencillos, dispuesta a dos aguas.
Por su parte, el presbiterio, al que se accede a través de arco toral o triunfal, apuntado y perfilado por dos sencillos baquetones, se cubre con bóveda estrellada, compuesta por dos nervios diagonales, que, al unirse entre sí por medio de otros nervios secundarios, dibujan una estrella de cuatro puntas, dentro de la que se inscribe un círculo.
La cubierta está dispuesta a dos aguas, manteniendo el recuerdo de la primitiva en la utilización de los maderos.
El Renacimiento aparece tímidamente en la decoración heráldica de las nervaduras de la capilla mayor y en las ménsulas e impostas de las que arrancan y muestran en sus uniones una serie de rosetas decoradas con interesantes temas heráldicos que tal vez aludan al Priorato de San Marcos de León y a la Orden de Santiago, arrancando dichos nervios de ménsulas decoradas con relieves que representan los símbolos de los evangelistas.
En el siglo XVI se hicieron construcciones que pasaron del gótico al renacentista, como se ve en la bóveda del presbiterio y que acusan la presencia de un maestro contemporáneo de Diego Riaño. La portada de la puerta debió ejecutarse en el siglo XVIII.
Muy interesante, la capilla del Sagrario cubierta de bóveda estrellada con terceletes, con decoración pictórica barroca, posiblemente del siglo XVIII.
En una capilla en la nave lateral, estaba el retablo donde recibía culto la primitiva imagen de Jesús Nazareno, acompañado por las de San Juan Evangelista y Santa María Magdalena, más otra efigie del Niño Jesús, denominado el Niño Perdido.
Fotografía año 1923
Entre 1514 y 1515, el pintor Antón de Madrid, se ocupa en la realización del retablo mayor, valorado en 17.000 maravedís.
El 5 de octubre de 1778, el alarife Francisco de Ávila, construyó una bóveda nueva para la capilla del baptisterio, que importaron 5000 reales de vellón.
El año 1913 dejó de ser parroquia, quedando como filial de la de Santa María. En 1936, se cerró definitivamente. Posteriormente fue vendida al Ayuntamiento de Guadalcanal.