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El 10 de marzo de 1582, por testamento otorgado en la ciudad de La Plata (Perú) el hijo de la villa don Jerónimo González de Alanís, capitán, donó 30.000 pesos para fundar este Convento, cosa que realizó Fray Antonio Delgado (Guardián del convento de San Francisco), Fray Diego de Espinosa (Padre Provincial) y doña Catalina López (la Rincona), hermana del fundador y mujer de don Cristóbal Muñoz, por escritura otorgada en Madrid el cuatro de mayo de 1591. Asignando para el Convento 408.000 maravedís, al Capellán 108.000, al Patrono 27.200 y al Pósito 38.953 de principal.
Las primeras seis religiosas entran en 28 de abril de 1593, procedentes de Belvis (Cáceres).
En 1646 estaba compuesta la comunidad por veintisiete monjas y tres donadas (mujeres que, sin ser monjas, vivían retiradas en el convento), siendo abadesa la Madre Francisca de la Encarnación.
Algunas religiosas ilustres: Madre San Ildefonso de Guadalcanal, Madre Leonor de San Bernardo, de la cual cuenta el hecho milagros de que “en su tierna edad, yendo a la iglesia de Santa Clara, iba delante de ella Cristo Redentor Nuestro con una cruz en los hombros, lo cual vio con los ojos corporales, de donde nació el afecto para ser religiosa”; y las Madres Catalina de San José, Antonia de la Trinidad, Francisca de San Agustín, María del Corpus Christi, Constanza de San Gerónimo, María de San Diego, Juana de Santa Clara, María Evangelista, Isabel de la Encarnación, Isabel de San Buenaventura e Isabel Baptista.